Séquençage lecture longue - Nanopore

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La plateforme Bio-Environnement dispose d'un service de séquençage en lectures longues (Oxford Nanopore Technologies). Celui-ci est composé de deux séquenceurs MinION ainsi que d'un Flongle et d'un MinIT équipé d'un système NVIDIA AGX (alimentation secteur ou batteries). Un ordinateur de haute capacité en GPU permet l'acquisition des données de haute qualité (basecalling avec Guppy).

La plateforme dispose également d'un MinION-mk1c compatible avec les flow cells MinION et Flongle. Il permet de faire le basecalling en GPU avec une grande précision. Sa portabilité permet d'envisager des expériences de science participative (sur demande).
 
Nanopore

Ce service vous offre la possibilité :
  1. d'effectuer vos extractions d'ADN et d'ARN
  2. de réaliser des banques d'ADN génomique, d'ADNc ou d'ARN
  3. de procéder au séquençage sur MinION.
Le MinION permet une production de données pour l'ADN génomique de l'ordre de 10 Gb par puce (de type R9 ou R10) avec une longueur de séquences ayant un N50 d'environ 20 kb. Les résultats obtenus vous sont restitués sous la forme de fichiers fastq accompagné d'un fichier NanoComp vous délivrant les informations relatives à la qualité des données produites. En outre une analyse bioinformatique peut être réalisée par cartographie sur un génome de référence (fichier .bam et .bai) permettant la visualisation des données sous IGV par l'utilisateur.

Tarifs
Les tarifs des prestations courantes sont indiqués dans la fiche suivante :
[Fiche tarifaire Nanopore (pdf) - À venir]

Toute demande peut être étudiée et conduire à l'établissement d'un devis personnalisé.
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Mise à jour le 25 mai 2022