La plateforme Bio-Environnement dispose d'un service de séquençage en lecture longue (Oxford Nanopore Technologies).
Celui-ci compte cinq appareils de séquençage de différentes capacités :
- les deux plus récents sont des séquenceurs autonomes PromethION de grande capacité et de dernière génération : les P2I.
- les 3 autres sont deux séquenceurs Minion non autonomes, les MK1B, couplés à des ordinateurs standards et un séquenceur Minon autonome, le MK1C, dont la portabilité permet d’entreprendre des expériences de science participative.
Nous disposons aussi d’un adaptateur Flongle utilisable avec les 3 séquenceurs MinION qui permet d’effectuer un séquençage à moindre coût.
Les 3 séquenceurs autonomes sont équipés du système NVIDIA AGX (alimentation secteur ou batteries) qui leurs confèrent la capacité d’acquérir des données de haute qualité.
Le service est également doté d’un ordinateur de haute capacité en GPU (système NVIDIA) qui nous permet d’effectuer rapidement et en haute qualité (basecalling en High accuracy et super accuracy), des analyses complémentaires à partir des données fast5.
Le service de séquençage en lecture longue vous offre la possibilité :
- d'effectuer vos extractions d'ADN et d'ARN
- de réaliser des banques d'ADN génomique, d'ADNc ou d'ARN.
- de procéder au séquençage sur MinION et PromethION
Le MinION permet une production de données pour l'ADN génomique de l'ordre de 10 Gb par flowcell avec une longueur de séquences ayant un N50 d'environ 20 kb.
Le promethION permet de multiplier cette production par ~ 10. (90 GB de données brutes sont produites avec un MinION contre 850 GB avec un PromethION).
Il est particulièrement utile pour le séquençage des génomes végétaux (souvent de grandes tailles , >1/2 Gb). Le coût relativement bas (multiplié par 1.5 par rapport à un run de MinION) contribue à son attractivité.
Nous avons également développé des protocoles permettant le multiplexage d’échantillons (notamment dans l’étude des ADNg et du Mobilome) : le coût du séquençage par échantillon en est ainsi réduit tout en assurant la production de données suffisantes.
Les résultats obtenus vous sont restitués sous la forme de fichiers fastq accompagné d'un fichier NanoComp vous délivrant les informations relatives à la qualité des données produites.
Les données brutes (fast5 ou pod5) sont également transmises.
En outre une analyse bioinformatique peut être réalisée par cartographie sur un génome de référence (fichier .bam et .bai) pour la visualisation des données sous IGV par l'utilisateur.
Tarifs
Les tarifs des prestations courantes sont indiqués dans la fiche suivante :
[Fiche tarifaire Nanopore (pdf) - À venir]
Tout projet peut être étudié et conduire à l'établissement d'un devis personnalisé (bio-environnement@univ-perp.fr).