L’instrument Illumina NextSeq550 permet le séquençage de tous projets nécessitant une grande quantité de données (transcriptomique, génomique, séquençage d’exome, ChIP-Seq, ATAC-Seq, etc). Equipé d’un système en 2 couleurs, il peut fonctionner en 75, 150 ou 300 cycles (single reads 75, single reads 150, paired ends 2x75 ou paired ends 2x150) et produire selon l’envergure des projets 130 ou 400 millions de clusters.
L’instrument Illumina MiSeq est plus particulièrement adapté pour des projets nécessitant des tailles de lectures plus longues avec une relativement faible profondeur de séquençage (assemblage de génomes bactériens ou viraux, éléments transposables...). Equipé d’un système en 4 couleurs, il est particulièrement adapté au séquençage d’amplicons de faible complexité (barcoding de communautés microbiennes, eDNA, etc.) 
L’instrument Illumina MiSeq est plus particulièrement adapté pour des projets nécessitant des tailles de lectures plus longues avec une relativement faible profondeur de séquençage (assemblage de génomes bactériens ou viraux, éléments transposables...). Equipé d’un système en 4 couleurs, il est particulièrement adapté au séquençage d’amplicons de faible complexité (barcoding de communautés microbiennes, eDNA, etc.)
Mise à jour le 27 avril 2023